Súng thần công của quân Tây Sơn được tìm thấy tại căn cứ thủy binh Tây Sơn ở cảng Thị Nại (Quy Nhơn), hiện được trưng bày trong Bảo tàng Tây Sơn (Bình Định).

Quét xong thủy quân Tây Sơn ở Thị Nại, nhưng lúc này thành Bình Định mỗi ngày mỗi kiệt quệ. Chúa Nguyễn ra lệnh cho Võ Tánh và Ngô Tùng Châu bí mật trốn ra khỏi thành, nhưng Võ Tánh biên thư từ chối: Tinh binh của Tây Sơn ở Quy Nhơn cả, nên lợi dụng lúc này đánh Phú Xuân thì lợi hơn...[15]

Chúa Nguyễn liền cử Nguyễn Văn Thành ở lại chiến đấu với Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng, và đặt một phần quân lực giữ cửa Thị Nại. Ngày 5 tháng 6 năm 1801, chúa Nguyễn dẫn tàu thuyền ra khỏi Thị Nại, hợp quân với Nguyễn Văn Trương tiến ra đánh Phú Xuân...[9]

Trận Thị Nại 1801, là trận thủy chiến lớn nhất nơi đầm Thị Nại. Từ đấy quân nhà Nguyễn giữ vững vùng biển chiến lược này. Thời Pháp thuộc, Trường Xuyên có bài thơ hoài cổ rằng:

Thị Nại xưa kia vũng chiến trường,Nổi chìm thế sự mấy triều vương...Non mây nghi ngút nơi binh dữ,Biển ráng chưa tan bọt máu hường.Nhạn lãnh sóng vờn gương đế báPhương Mai rừng đắp vết tang thương.Bùi ngùi ngắm cảnh quay trông lạiLớp lớp xe ai rộn phố phường![16]